Né en 1945 à Saint-Jean d’Angély (Charente-Maritime), Jacques Lenot a toujours défendu son indépendance, se tenant à l’écart des circuits officiels de la musique contemporaine. Révélé par Olivier Messiaen qui impose sa première œuvre à l’Orchestre national de l’Office de Radiodiffusion Télévision Française (ORTF) en 1967 dans le cadre du festival de Royan, il revendique toujours son appartenance à l’école sérielle, bien qu’il ait pris ses distances avec elle techniquement. Il rencontre Karlheinz Stockhausen, György Ligeti et Mauricio Kagel à Darmstadt dès 1966, puis débute une carrière italienne avec Sylvano Bussotti, à Rome en 1969 puis à Milan.
Ses œuvres sont interprétées par ses soins, ceux de Marcello Panni et de Giuseppe Sinopoli. Harry Halbreich lui consacre une grande partie du festival de Royan en 1974 et lui commande deux œuvres pour l’orchestre symphonique de la radio de Baden-Baden et pour le quatuor Berner en 1977. En 1974, il est invité à l’Académie musicale Chigiana de Sienne par Franco Donatoni, qui lui fait signer un contrat d’édition chez Suvini Zerboni à Milan.
Après la création par Pierre Boulez et l’Ensemble intercontemporain d’une des pièces d’un cycle écrit pour Madame Salabert, Allégories d’exil, en 1980, il entame Pour Mémoire, cycle de plusieurs combinaisons de grands orchestres, créé à la Salle Pleyel en 1983. Il opère ensuite sa première phase de recul. Maurice Fleuret, alors directeur de la musique du ministère Jacques Lang, lui commande une œuvre pour le Groupe Vocal de France. Plusieurs montages voient le jour jusqu’au Déchaînement si prolongé de la grâce que Henri Ledroit interprète en 1986. Son décès en 1988 puis celui de beaucoup de ses amis provoque une crise grave chez Jacques Lenot, son deuxième recul puis son départ de Paris. Il réside dans le Gers de 1992 à 1997, se familiarise avec l’instrument orgue et compose la majorité de ses recueils, en parallèle avec ses Vingt-quatre préludes pour piano.
Jacques Lenot compose pour tous les genres musicaux ; J’étais dans ma maison et j’attendais que la pluie vienne d’après Jean-Luc Lagarce est son premier « vrai » opéra. Ce travail se poursuit pendant presque dix ans autour d’un premier projet – Roberto Zucco de Bernard-Marie Koltès – refusé par son ayant droit après sa composition. La nouvelle œuvre voit le jour le 29 janvier 2007 au Grand Théâtre de Genève, dans la mise en scène de Christophe Perton, la scénographie de Christian Fenouillat, et sous la direction de Daniel Kawka.
Deux commandes d’œuvres marquent sa collaboration avec l’Ircam : Il y a (co-commande de l’Ircam et du Festival d’Automne à Paris, création en 2009), puis Isis und Osiris, créée en 2014.
La sortie des deux premiers volumes de l’enregistrement de ses œuvres pour piano – en collaboration avec un mécène privé et le label Intrada, puis l’aide de MFA, de l’Adami et du FCM – lui vaut de nombreuses récompenses (Monde de la Musique, Académie Charles Cros, Sacem…) et diverses commandes (Radio France, Abbaye de Royaumont, Musique Nouvelle en Liberté). En 2004, il est fait Chevalier des Arts et Lettres puis est promu Officier en 2011.
Un recueil d’entretiens de Jacques Lenot avec Frank Langlois a été publié en 2007 par les Editions Musica Falsa et la Sacem dans la collection « Paroles ».