Philippe Manoury commence la musique à l’âge de neuf ans. Très vite, il compose en autodidacte. Il suit des études de piano avec Pierre Sancan, d’harmonie et de contrepoint à l’École normale de musique de Paris. Au début des années soixante-dix, il s’engage définitivement dans la voie de la composition sur les conseils de Gérard Condé qui l’introduit auprès de Max Deutsch à l’École normale de musique de Paris. Il étudie ensuite la composition également auprès de Michel Philippot et Ivo Malec au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris, où il suit aussi la classe d’analyse de Claude Ballif. En 1975, il entreprend des études de composition musicale assistée par ordinateur avec Pierre Barbaud.

Les œuvres de Karlheinz Stockhausen, Pierre Boulez et Iannis Xenakis forment les premières références de Philippe Manoury. Pour lui, l’acte de composition consiste à mettre en œuvre des capacités de transformation tant du matériau musical que de la perception. Certaines œuvres peuvent s’organiser en un vaste cycle dont chaque pièce se nourrit, en le métamorphosant, du matériau des précédentes, à l’image de la confrontation avec l’ordinateur, de l’instrument seul d’abord (Jupiter, Prix de la meilleure réalisation musicale de la SACEM en 1988, Pluton), puis de l’ensemble de percussions (Neptune) et enfin des solistes et de l’orchestre (La Partition du ciel et de l’enfer) dans le vaste cycle “Sonus ex machina”.

Présent dans les principaux festivals et concerts de musique contemporaine dès l’âge de dix-neuf ans, c’est avec la création de Cryptophonos, par le pianiste Claude Helffer au Festival de Metz en 1974, qu’il se fait véritablement connaître du public. En 1978, il s’installe au Brésil et y donne des cours et des conférences sur la musique contemporaine dans différentes universités. En 1981, de retour en France, il est invité à l’Ircam en qualité de chercheur. Depuis cette époque, il ne cesse de participer, comme compositeur ou professeur, aux activités de l’Institut. Des recherches entreprises à cette époque, naîtra Zeitlauf, pour chœur mixte, ensemble instrumental, synthétiseurs et bande magnétique créé en 1982. En étroite collaboration avec Miller Puckette, il travaille ensuite plus précisément dans le domaine de l’interaction instrument-machine, avec pour but principal le développement de systèmes permettant la simulation et le suivi en temps réel des comportements instrumentaux, et donc l’intégration des phénomènes d’interprétation à la composition musicale même et à l’électroacoustique. Le cycle de pièces interactives « Sonus ex machina », pour différents instruments et électronique, reste comme l’un des jalons importants de cette histoire, tout comme En écho, pour soprano et électronique.

De 1983 à 1987, Philippe Manoury est responsable de la pédagogie au sein de l’Ensemble intercontemporain. Il est ensuite professeur de composition et de musique électronique au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Lyon (1987-1997). De 1998 à 2000, il est responsable de l’Académie européenne de musique du festival d’Aix-en-Provence. Il anime également de nombreux séminaires de composition en France et à l’étranger. De 1995 à 2001, il est compositeur en résidence à l’Orchestre de Paris et, de 2001 à 2003, à la Scène nationale d’Orléans. Entre 2004 et 2012, il enseigne la composition à l’Université de Californie San Diego (UCSD). En 2013,  il est nommé professeur de composition au Conservatoire de Strasbourg et est en résidence à l’Orchestre de chambre de Paris. En 2017, il est professeur invité à la Chaire Annuelle de Création Artistique du Collège de France.

Son œuvre couvre tous les genres : pièces solistes, musiques électronique mixtes (en 2006, On-Iron pour chœur, video et électronique et Partita I pour alto et électronique) musiques de chambre, œuvres pour chœur et pour grand orchestre. Parmi celles-ci, on peut citer Sound and Fury qui a été créée par Pierre Boulez avec les orchestres de Chicago et de Cleveland. Philippe Manoury a également composé quatre opéras : 60e Parallèle, créé en 1998 au Théâtre du Châtelet, K…, d’après Le Procès de Kafka, créé en 2001 à l’Opéra-Bastille (Grand prix de la SACD, Prix de la critique musicale en 2001 et Prix Pierre I^er de Monaco en 2002) La Frontière en 2003, dans le cadre de sa résidence à la Scène Nationale d’Orléans et La nuit de Gutenberg créé à l’Opéra du Rhin de Strasbourg dans le cadre du Festival Musica 2011. Pour ce dernier opéra, Philippe Manoury est nommé Compositeur de l’année aux Victoires de la musique 2012.

Parmi les dernières œuvres de Philippe Manoury on peut noter Terra Ignota pour piano et orchestre dirigé du piano (2007), Abgrund pour grand orchestre (2007), Gesänge-Gedanken, cycle de mélodies sur des textes de Nietzsche pour contralto et petit ensemble (2009), Instants pluriels pour deux groupes instrumentaux (2008), Synapse pour violon et orchestre (2010), les deux quatuors à cordes de 2010, Tensio avec électronique et Stringendo, et Hypothèses du sextuor créé par l’ensemble Accroche Note au Festival Musica 2011. En juin 2012 un concerto pour piano, électronique et orchestre, Echo-daimónon, commande de l’Orchestre de Paris, est créé lors du ManiFeste 2012 de l’Ircam et, en juillet 2012, Partita II pour violon et électronique, lors du Festival Messiaen au Pays de la Meije. En 2017, il travaille ainsi sur Kein Licht, une œuvre lyrique et théâtrale en collaboration avec le metteur en scène Nicolas Stemann (création à la Rurhtriennale et à l’Opéra Comique en 2017). Philippe Manoury continue actuellement la composition de la Trilogie Köln, dont la première partie Ring a été créé par l’orchestre Gürzenich de Cologne en mai 2016, ainsi que l’élaboration de L’Échelle, une installation électronique en temps réel à partir des heures, des jours, et des mois de l’année pour le Théâtre La Scala à Paris (septembre 2018).

Philippe Manoury a été nommé Officier des Arts et des Lettres en 2014 et est membre de l’Académie des Arts de Berlin depuis 2015.