Mathias Spahlinger est né en 1944 à Francfort. Son père, violoncelliste, lui enseigne dès l’âge de six ans la flûte à bec, la viole de gambe et plus tard le violoncelle, à quoi s’ajoutent des leçons de piano en 1952. À partir de 1959, il se tourne vers le jazz, apprend le saxophone et se produit comme improvisateur à Francfort.

Quittant le lycée en 1962, il suit une formation de typographe jusqu’en 1965, en prenant des leçons de composition en privé avec Konrad Lechner, poursuivies auprès de lui à la Städtische Akademie für Tonkunst de Darmstadt, où il étudie aussi le piano avec Werner Hoppstock.

Après son prix, il enseigne à partir de 1968 à la Musikschule de Stuttgart et étudie la composition avec Erhard Karkoschka à la Staatliche Hochschule für Musik und Darstellende Kunst de 1973 à 1977.

En 1978, il est chargé de cours de théorie musicale à la Hochschule der Künste de Berlin, en 1984, professeur de composition et de théorie musicale à la Staatliche Hochschule für Musik de Karlsruhe et en 1990 professeur de composition et directeur de l’Institut pour la Nouvelle musique à la Staatliche Hochschule für Musik Freiburg, jusqu’à sa retraite en 2009.