Né à Linares (Andalousie) en 1951, Francisco Guerrero débute ses études musicales avec son père à l’âge de six ans, puis à Palma de Majorque, à Madrid et à Grenade avec Juan Alfonso Garcia. Il se consacre à l’orgue et à la composition. En 1969, il crée un laboratoire de musique électronique au sein de la Radio de Grenade. À partir de 1973, il mène une activité de programmateur à la radio nationale espagnole. Il est aussi chargé d’enseignement à partir de 1981. En 1985, il fonde le département de musique électronique de l’université polytechnique de Las Palmas. Il s’entoure peu après de membres de diverses professions - ingénieurs, physiciens, architectes et informaticiens - avec lesquels il forme un groupe de travail. En 1988, il rencontre Luigi Nono, avec qui il entretiendra une profonde amitié.

Très tôt, il se passionne pour la musique électroacoustique : Jondo (1974), pièce avec électronique gagne le prix Gaudeamus. En 1975, il fonde le groupe Glosa. En 1976, il remporte, avec sa pièce Actus, le concours de la C.E.C.A.. L’enregistrement de cette même pièce lui rapporte le prix du meilleur disque de l’année en 1978. En 1979, il reçoit le prix de composition de la ville de Grenade. L’ « Academia de Bellas Artes de Granada » le nomme « Academico corrispondiente ». En 1985, il est nommé membre de la fondation du festival de Grenade. En 1993, l’ensemble de son travail est récompensé par le prix « Andalucía de la Musica ».

Concises, mais d’une extrême difficulté d’exécution à cause de leur complexité rythmique et du goût du compositeur pour les polyphonies très élaborées, ses compositions témoignent d’une pensée musicale sans concession. On l’a parfois qualifié de «Xenakis espagnol», mais on retrouve aussi dans son travail une figure telle que celle de Varèse. Il est le premier à avoir exploité en musique la théorie des fractales, à partir de la grande page chorale Nur (1990).

Outre des pièces pour orchestre, des pièces de musique vocale : Anemos B (1978), Erótica (1978-1981), Nur (1990) et des pièces solistes : Op. 1 Manual pour piano (1976-1981), Pâni, pour clavecin (1981-1982), une grande partie de son catalogue est consacré à la musique de chambre, notamment avec le cycle des Zayin - pour trio, quatuor à cordes et violon seul (pour l’une des pièces du cycle) - qui représente quatorze ans de composition, de 1983 à 1997. À ce catalogue très complet ne manque qu’un opéra, pourtant esquissé sur la légende de la Papesse Jeanne, que le décès brutal du compositeur, en octobre 1997, laisse en chantier.