Johannes Schöllhorn a étudié la composition avec Klaus Huber, Emmanuel Nunes et Mathias Spahlinger et la théorie musicale avec Peter Förtig, tout en travaillant la direction d’orchestre avec Peter Eötvös. Remarqué lors d’un stage de composition à Royaumont en 1992, distingué par l’Ensemble Recherche qui enregistra son premier disque monographique en 1994, sélectionné par le comité de lecture de l’Ensemble Intercontemporain en 1997, son opéra de chambre les petites filles modèles (1995) fera l’objet d’une tournée en France la même année, et sera donné à l’amphithéâtre de l’Opéra Bastille. Schöllhorn recevra ensuite de nombreuses commandes de l’Ensemble Modern, de l’Ensemble Intercontemporain, de L’Instant donné, des Neue Vocalsolisten Stuttgart, de l’Ensemble Musikfabrik, de Klangforum Wien, de l’ensemble ascolta, du Neue Ensemble, ainsi que des orchestres des radios de Cologne (WDR) et de Stuttgart (SWR), du DSO Berlin, du Seoul Philharmonic Orchestra et du Philharmonia Orchestra Londres.

Entre 1995 et 2000 Johannes Schöllhorn a enseigné à la Musikhochschule de Zürich-Winterthur, tout en dirigeant l’Ensemble für Neue Musik de la Musikhochschule Freiburg (Allemagne). Entre 2001 et 2009 il a été professeur de composition à la Hochschule für Musik und Theater Hannover, avant d’être nommé professeur de composition et directeur de l’Institut für Neue Musik à la Hochschule für Musik de Cologne. Il a aussi enseigné dans le séminaire de composition de la Fondation Royaumont, au Ictus Séminaire (Belgique), au Bartók Festival (Hongrie), ainsi qu’au Conservatoire de Paris, au Conservatory of Music de Tianjin (Chine), au Central Conservatory of Music Beijing (Chine), au Takefu-Festival (Japon), à la Tokyo Ondai University, au Seoul Philharmonic Orchestra, au Centro San Fedele Milan et à Kiev. En 2008 il était l’un des membres participants au projet « into » à Hongkong. Schöllhorn a obtenu de nombreux prix et distinctions dans des concours de composition, et le Prix Praetorius en 2009.

En 2011, il est compositeur en résidence au Festival d’Opéra de Heidenheim, et de 2013 à 2015 à l’Orchestre symphonique de Mulhouse. Il enseigne régulièrement dans des masterclasses et ateliers ; en octobre 2017, il devient professeur de composition et directeur de l’Institut pour les musiques nouvelles de la Musikhochschule de Freiburg.