Né à São Paulo en 1962, il y étudie la composition avec Willy Corrêa de Oliveira entre 1980 et 1985. En 1987, il publie Apothéose de Schoenberg où il expose le résultat de ses recherches harmoniques. Boursier du Studio de Musique Electronique de Cologne de 1986 à 1990, il y obtient le diplôme de composition électronique en 1989.

Il suit les cours de Pierre Boulez au Centre Acanthes (1988), et de Luciano Berio à Salzbourg (1989).

En 1991, il développe des recherches sur la musique par ordinateur au Centro di Sonologia Computazionale de Padoue. Il travaille sur les manuscrits de Berio à la Fondation Paul Sacher à Bâle en 1992 : son analyse de Visage reçoit le premier prix du Concours International de Musicologie d'Italie en 1990.

Flo Menezes a remporté de nombreux prix de composition : de l'Unesco en1991 pour la pièce électronique Contextures I, hommage à Berio , de la Trimalca à Mar del Plata en 1993 pour Profils écartelés, également sélectionné aux Cours d'été de Darmstadt en 1990, le prix Ars Electronica de Linz en 1995 pour Parcours de l'Entité, pour flûtes, percussions et bande numérique : le premier prix du Concours international Luigi Rossolo en Italie en 1996 pour A viagem sobre os Grãos, pour deux percussionnistes et bande, créé au Carnegie Hall à New-York.

Flo Menezes fonde en 1994 le Studio panorama de musique électro-acoustique dont il est le Directeur Artistique, crée à São Paulo le Concours International de Musique Electroacoustique en 1995 et la Biennale Internationale de Musique Electroacoustique en 1996.

Il enseigne la composition à l'Université d'Etat de São Paulo.