Né en 1957 à Vienne (Autriche), Thomas Daniel Schlee a étudié l’orgue avec Friedrich Lesky puis Michael Radulescu à la Hochschule für Musik de Vienne, l’harmonie et le contrepoint avec Erich Romanovski. Il étudie par ailleurs la musicologie et l’histoire de l’art à l’Université de Vienne. De 1978 à 1979, il séjourne à Paris où il poursuit sa formation dans la classe d’Olivier Messiaen au Conservatoire national supérieur de musique de Paris, et achève ses études d’orgue auprès de Jean Langlois. De retour à Vienne, il suit les cours de composition de Francis Burt.
De 1981 à 1989, Thomas Daniel Schlee obtient de nombreux prix de composition : Förderungspreis für Musik de la ville de Vienne, Prix du concours international de Saint-Rémy-de-Provence, 1er prix de composition du concours de la Berliner Liedertafel, Prix du concours de composition pour orgue «Olivier Messiaen» (Italie).
De 1986 à 1989, il occupe le poste de Musikdramaturg au Théätre Régional de Salzbourg et enseigne parallèlement à la Hochschule für Musik de Vienne puis à l’Université de Salzbourg. Depuis 1990, Thomas Daniel Schlee est directeur musical du Brucknerhaus à Linz.
Directeur d’une collection de musique pour orgue chez Universal Edition, Thomas Daniel Schlee a donné de nombreux récitals d’orgue en Autriche et à l’étranger, invité par d’importants festivals internationaux. Il a également participé à de nombreux enregistrements pour la radio en Autriche, Allemagne et France ainsi qu’à de multiples productions phonographiques.
Il a composé une quarantaine d’oeuvres vocales ou instrumentales (musique pour orgue, musique de chambre, pour ensemble instrumental ou pour orchestre).