Chaya Czernowin grandit en Israël et étudie à l’Academie de musique Rubin de Tel Aviv de 1976 à 1982. À vingt-cinq ans elle quitte Israel pour continuer à étudier en Allemagne, grâce à une bourse du DAAD (1983-1985), aux États-Unis, de 1987 à 1993, à l’Université de Californie où elle termine son doctorat, ainsi qu’au Japon, de 1993 à 1995, où elle est invitée en résidence (bourse Asahi Shimbun), puis de nouveau en Allemagne, à l’Akademie Schloss Solitude en 1997 et en Autriche, à Vienne. Durant ces années, elle suit les enseignements de Abel Ehrlich, Yizhak Sadaï, Dieter Schnebel, Eli Yarden, Joan Tower, Brian Ferneyhough et Roger Reynolds.
Elle représente Israël à l’Unesco International Rostrum of Composers en 1981, reçoit un Stipendiumpreis (1988) et le Kranichsteiner Musikpreis (1992) du cours d’été de Darmstadt, est sélectionnée par le comité de lecture de l’Ircam en 1998 qui lui commande Winter Songs I: Pending Light (2003) et bénéficie des bourses d’étude du Studio experimental de la SWR de Freiburg en 1998, 2000 et 2001.
Le catalogue de Chaya Czernowin va des pièces de musique de chambre à des effectifs orchestraux importants, comme dans la grande fresque Maim pour cinq solistes, grand orchestre et électronique (2001-2007), ansi que des pièces pour la scène : Pnima…ins Innere, créée à la biennale de Munich en 2000 et récompensée comme la meilleure création de l’année par la revue Opernwelt, Adama, complément à la Zaïde de Mozart créé au festival de Salzburg où elle est en résidence en 2005-2006, et l’opéra de chambre and you will love me back (2011). Ses pièces sont jouées dans les festivals les plus importants au Japon, en Corée, en Australie et en Amérique du Nord et du Sud et reçoivent de nombreux récompenses, parmi lesquels les prix des fondations Siemens en 2003, Rockefeller en 2004, Fromm en 2009, Guggenheim en 2011. En 2013, elle est artiste en résidence au festival de Lucerne où sont créés At the fringe of our gaze pour ensemble et orchestre, White Wind Waiting, pour guitare et orchestre. En 2014, son quatuor à cordes avec électronique, HIDDEN, est créé à l’espace de projection de l’Ircam lors du festival ManiFeste. Son troisième opéra, Infinite Now, sur un livret et une mise en scène de Luk Perceval, est créé en avril 2017 au Vlaamse Opera de Gand.
Chaya Czernowin a été professeur à l’Université de Californie à San Diego (UCSD), ainsi qu’à l’Université des arts de Vienne (2006-2009) où elle fut la première femme nommée professeur de composition. Depuis 2009 elle enseigne à l’Université d’Harvard. Elle crée le cours de composition biennal de l’Académie Schloss Solitude avec son fondateur Jean-Baptiste Jolly et Steven Kazuo Takasugi. Avec ce dernier elle enseigne aussi à Tzlil Meudcan, cours international fondé en Israël par Yaron Deutsch de l’Ensemble Nikel. Elle est nommée membre de l’Akademie der Künste de Berlin en 2017, et membre de la Bayerische Akademie der Schönen Künste de Munich en 2021. En 2022, elle reçoit le prix Deutschen Musikautor de la GEMA, dans la catégorie « Composition pour le théâtre musical ».