Brian Ferneyhough est né à Coventry en Angleterre le 16 janvier 1943. Ses premières expériences musicales, dans sa ville natale, sont celles des fanfares et des brass band (il y joue notamment la trompette). Il suit des cours à la Birmingham School of Music, puis à la Royal Academy of Music de Londres, travaillant brièvement la composition avec Lennox Berkeley. En 1968, il part pour travailler à Amsterdam avec Ton de Leeuw, puis à Bâle où il suit les cours de Klaus Huber. Ses œuvres reçoivent trois années de suite des distinctions au concours Gaudeamus (1968-70), notamment pour les Sonatas, et Ferneyhough reçoit un prix spécial en 1974 pour Time and Motion Study III, meilleure œuvre toutes catégories confondues. La même année, l’exécution de plusieurs de ses pièces au Festival de Royan assure la réputation du compositeur comme l’une des personnalités les plus fortes et les plus originales de sa génération.

Ferneyhough est l’assistant de Klaus Huber à la Musikhochschule de Freiburg-im-Breisgau en 1973, et il le reste jusqu’en 1986, date à laquelle il enseigne un an au Royal Conservatoire The Hague, en Hollande, puis à l’University of California de San Diego aux États-Unis, de 1987 à1999, avant d’obtenir un poste à Stanford University. Mais la vocation pédagogique de Ferneyhough comporte aussi beaucoup de séminaires dans des lieux différents : de 1984 à 1996 aux Darmstädter Ferienkurse für Neue Musik, et depuis1990 à la Fondation Royaumont. Il travaille aussi, comme professeur invité, au Royal Conservatoire de Stockholm, au California Institute of the Arts and the University of Chicago, puis en 2007-8, à Harvard University. Il a donné par ailleurs des cours à la Civica Scuola di Milano, au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris, dans les universités d’Oxford, de Cambridge, de Durham, et dans diverses universités d’Amérique du Nord. Il enseigne régulièrement à l’Ircam dans le cadre du Cursus de composition et d’informatique musicale. En 2007, Brian Ferneyhough reçoit le prix Siemens. En 2012, il reçoit le titre de doctor honoris causa du Goldsmiths College, Université de Londres.

Ses œuvres sont éditées par Peters à Londres, et ses manuscrits se trouvent à la Fondation Paul Sacher à Bâle.