La musique spectrale travaille sur l'ambiguïté entre harmonie et timbre : en effet, son idée fondatrice est d'analyser des spectres de sons puis de les reconstituer non à l'aide de synthétiseurs (comme pour la synthèse additive) mais d'instruments de l'orchestre qui fusionnent en un son global censé représenter le modèle. Un partiel du spectre devient une note sur la portée. En choisissant un nombre restreint de partiels du spectre, mais particulièrement représentatifs (voir : analyse avec paramètres perceptifs), on peut donc fabriquer des accords qui fusionneront comme des timbres. Les compositeurs jouent ensuite sur ce paramètre de fusion/fission : à l'écoute d'un ensemble d'instruments, lorsqu'on peut discriminer les notes, on est plutôt dans un accord ; alors que lorsqu'on ne perçoit qu'un son fusionné, on est plutôt dans un timbre.