Vykintas Baltakas étudie la composition de 1990 à 1993 à l’Académie de musique de Vilnius avec Vytautas Barkauskas puis de 1993 à 1997 à la Hochschule für Musik de Karlsruhe avec Wolfgang Rihm pour la composition et Andreas Weiss pour la direction d’orchestre. En 1997, il suit les cours de composition d’Emmanuel Nunes au Conservatoire national supérieur de Paris. De 1994 à 1997, il étudie à l’Institut international Peter Eötvös. En 1996, il reçoit une bourse de la Fondation Heinrich-Strobel de Freibourg et en 1997, de la Herrenhaus Edenkoben. Il suit les cours d’été de Darmstadt et en 1999-2000, le Cursus de composition de l’Ircam. Il reçoit une bourse d’étude de la fondation internationale Nadia et Lili Boulanger à Paris en 2000 et en 2002.

À Vilnius il crée et dirige l’ensemble vocal Penki vejai et l’ensemble instrumental Aidija. En 2009, il fonde le Lithuanian Ensemble Network LEN. En tant que chef d’orchestre, il est assistant de Peter Eötvös depuis 1995, dirige l’ensemble du Nouveau siècle à Strasbourg de 1995 à 1997 et reçoit des prix tels que le Youth Conductors’ Competition de Kaunas en 1990 et le Bad Homburger Conductors’ Competition en 2002.

À partir de 2015, il devient professeur de composition au Conservatoire de Maastricht et professeur invité au Conservatoire royal de Bruxelles. En 2016, il donne des conférences à l’Académie royale de Musique de Londres. La même année, il prend la direction du master de performance musicale contemporaine de l’Académie de musique et de théâtre lithuanienne.

Vykintas Baltakas reçoit pour Pasaka le prix du Concours international de piano du XX^e siècle d’Orléans en 2002. Il est lauréat de l’International Composition Price Claudio Abbado en 2003. Son œuvre scénique Cantio créée en 2004 est récompensée par le “Best Lithuanian Music-theater piece”. En 2007, le compositeur reçoit le Prix Ernst von Siemens.

Sa musique est jouée par des interprètes de renom dans les plus importants festivals : Poussla au festival MaerzMusik de Berlin en 2002, Ouroboros - Zyklus I au festival de Witten par le Klangforum Wien en 2005, (how does the silver cloud s)ou(nd?) au festival Musica de Strasbourg en 2006 ; b(ell tree) est créé par le quatuor Arditti en 2007, Lift to Dubai, par l’ensemble Modern en 2009 et Scoria, par l’orchestre symphonique de la radio de Munich durant le festival Musica Viva 2010.