Michelle Agnes Magalhaes commence l'étude de la composition en 1994 avec Hans-Joachim Koellreutter, au Brésil. En 2002, elle obtient une licence de composition à l'Université d'État de Campinas, et en 2010 un doctorat de musicologie à l’université de São Paulo. Pianiste, elle se produit également en tant qu'improvisatrice.

À partir de 2012, elle reçoit l'enseignement des compositeurs Salvatore Sciarrino,Stefano Gervasoni et Chaya Czernowin.

Ses œuvres ont été jouées par les ensembles Abstraï, Percorso Ensemble, Arsenale, Accroche Note, Promenade Sauvage, ECCE, Bahia Blanca Soloists, Quarteto Prometeo, Flame Ensemble, TaG Neue Musik, 20° dans le noir, Talea Ensemble, l'ensemble l'Itinéraire et l'ensemble Multilatérale.

Elle a reçu des commandes de Radio France (Lorca Fragments), de l’Orchestre Philharmonique de Goiás (After Spring), de la Biennale de Venise (Crime(s)), du Radcliffe Institute for Advanced Study de l’Université de Harvard (Herbarium),du SESC - Brésil (The grand Can(y)on) et de la Fondation Siemens (Orange).

Depuis 2003, elle a obtenu des bourses et des résidences de composition à l’Institut International de Musique Electroacoustique de Bourges, à la Fondation Giorgio Cini de Venise, au Summer Composition Institute de l’Université de Harvard, à la compagnie Walpurgis de Anvers en Belgique, à la Fondation Camargo de Cassis, à la Villa Sträulli en Suisse et à l’Institut Français du Maroc.

En 2017-2018, elle fait partie des lauréats de la bourse en composition du Radcliffe Institute for Advanced Study de l’Université de Harvard.

Sa musique explore les limites entre geste et écriture, improvisation et composition.

Depuis 2014, elle collabore régulièrement avec l’Ircam, d'abord en tant que chercheuse, s’intéressant au geste musical et au lien entre écriture et improvisation et plus récemment en tant que compositrice en résidence en recherche artistique, avec un travail sur le cerveau musicien.

Elle vit et travaille aujourd'hui à Paris.