Née en 1956 à Stockholm. Après des études appronfondies à l’Ecole supérieure de Musique de Stockholm de piano (Gunnar Hallhagen), théorie/analyse (Bo Wallner), composition (Gunnar Bucht et Sven-David Sandström), et électroacoustique (Pär Lindgren), Madeleine Isaksson a continué ses études de composition à l’étranger, une année à Amsterdam avec Louis Andriessen et deux ans à Paris où elle a rencontré Emmanuel Nunes, et à Royaumont où elle a étudié avec Brian Ferneyhough. Depuis 1988, elle vit en France.
C’est avec le quatuor à cordes en un mouvement, Stråkvåg (1990), créé par le Quatuor Tale, que Madeleine Isaksson a eu son début international. Ensuite ont suivi, entre autres, Tillstånd-Avstånd (1992) pour quinze instruments, créé par le KammerensembleN, Inné (1993) pour neuf instruments, créé par l’Ensemble Itinéraire au Centre Georges-Pompidou, puis le long cycle pour trois voix et deux cordes, Å Svävare (1993-1995), écrit pendant la Session de composition Voix Nouvelles à l’Abbaye de Royaumont, et créé par les Jeunes Solistes pendant le Festival d’Automne à Paris, et récemment, Andelek (1997) pour quatre saxophones, créé par le Stockholm Saxofonkvartett.