Après des études de piano et de composition avec Yoko Kubo et Kei Kondo, Kenji Sakai intègre en 1996 l’Université des beaux-arts et de la musique de Kyoto où il suit les cours de composition de Syuichi Maeda et d’Hinoharu Matsumoto. Il y obtient un premier prix en 2000. En 2002, il s’installe à Paris et entre au Conservatoire national supérieur de musique dans les classes de composition de Frédéric Durieux, Allain Gaussin et Marco Stroppa, de « nouvelles technologies appliquées à la composition » de Luis Naón et d’analyse de Michaël Lévinas et Claude Ledoux. Il en sort diplômé en 2006 puis va suivre au conservatoire de Genève l’enseignement de Michael Jarrell jusqu’en 2008. En 2007-2009, il participe au Cursus de composition et d’informatique musicale de l’Ircam où il étudie notamment avec Yan Maresz.

Dans ce cadre, il écrit Astral/Chromoprojection, pour percussion, ensemble de dix-huit musiciens et dispositif électronique, créé en octobre 2009 au Centre Pompidou par l’Ensemble intercontemporain sous la direction de Jean Deroyer. Suivent des œuvres créées notamment par l’ensemble Contrechamps, l’Itinéraire, l’ensemble Sillages, l’orchestre philharmonique de Tokyo, le Tokyo Sinfonietta.

En mai 2011, Nebulous Nix est créé par l’Orchestre Symphonique de Lucerne sous la direction de Jonathan Nott. Après sa première mondiale à la Biennale Musique en Scène du Grame à Lyon en mars 2012 par l’Ensemble Orchestral Contemporain sous la direction de Daniel Kawka, Fog and bubbles est redonné à l’Ircam puis au festival Archipel à Genève.

Kenji Sakai reçoit de nombreux prix dès 2001 (Prix de la Japan Music Competition pour Chronofaille I et pour Mémoire d’oubli en 2002), Grand prix du Concours international George Enescu en 2007 pour …Rhizomes… et ...Chaosmose. Les soutiens de Fondation Nomura (Japon) et de la Sacem, lui sont décernés pour Astral/Chromoprojection (2008-2009) ainsi que le soutien de la Fondation Art Mentor de Lucerne en 2010. En 2009, Helmut Lachenmann lui décerne pour Hexagonal pulsar le Premier prix international de composition Toru Takemitsu.