Né à La Spezia, de descendance noble, Giacinto Scelsi révèle enfant déjà d’extraordinaires dons musicaux en improvisant librement au piano. Il étudie la composition à Rome avec Giacinto Sallustio, tout en gardant son indépendance face au milieu musical de son époque. Pendant l’entre-deux-guerres et jusqu’au début des années 50, il effectue de nombreux voyages en Afrique et en Orient ; il séjourne également longuement à l’étranger, principalement en France et en Suisse. Il travaille à Genève avec Egon Koehler qui l’initie au système compositionnel de Scriabine et étudie le dodécaphonisme à Vienne en 1935-1936 avec Walter Klein, élève de Schoenberg.
Scelsi traverse au cours des années 40 une grave et longue crise personnelle et spirituelle de laquelle il sort, au début des années 50, animé d’une conception renouvelée de la vie et de la musique. Dès lors, le « son » formera le concept-clé de sa pensée. Le compositeur, dont Scelsi refuse d’ailleurs le titre, devient une sorte de médium par lequel passent des messages en provenance d’une réalité transcendantale. Rentré à Rome en 1951-52 il mène une vie solitaire dévolue à une recherche ascétique sur le son. Il s’intègre parallèlement au groupe romain Nuova Consonanza qui rassemble des compositeurs d’avant-garde comme Franco Evangelisti. Avec les Quattro Pezzi su una nota sola (1959, pour orchestre de chambre) s’achèvent dix ans d’intense expérimentation sur le son ; désormais ses œuvres accomplissent une sorte de repli à l’intérieur du son démultiplié, décomposé en petites composantes.
Suivent encore plus de vingt-cinq ans d’activité créatrice au cours desquelles la musique de Scelsi n’est que rarement jouée : il faut attendre le mouvement de curiosité (et d’admiration) à son égard de la part de jeunes compositeurs français (Tristan Murail, Gérard Grisey et Michaël Lévinas) au cours des années 70 et les « Ferienkurse für Neue Musik » de Darmstadt en 1982 pour voir son œuvre reconnue au grand jour.
Auteur d’essais d’esthétique, de poèmes (dont quatre volumes en français), Giacinto Scelsi est mort le 9 août 1988. De vives polémiques ont éclaté en Italie peu après sa disparition à propos de l’authenticité de son activité de compositeur. La plupart de ses œuvres sont publiées chez Salabert.