Jouni Kaipainen étudie la musique dès sa plus tendre enfance, composant avec enthousiasme alors qu’il est écolier ; il devient ensuite l’élève de Aulis Sallinen. C’est à l’Académie Sibelius de Helsinki qu’il travaille avec Paavo Heininen grâce auquel il acquiert une connaissance approfondie du répertoire, sur la base duquel il peut ensuite construire sa méthode de composition et développer sa propre voie créatrice.
Le Iyrisme de ses premières oeuvres est surtout apparent dans le cycle de mélodies Cinq Poèmes de René Char (198O) pour soprano et orchestre. Il compose simultanément une oeuvre très ambitieuse Ladders to Fire, un concerto de vingt-cinq minutes pour deux pianos, inspiré par un roman d’Anaïs Nin. La musique de chambre constitue la majorité de son oeuvre, cependant, c’est dans les oeuvres pour grands ensembles, telles que la Symphonie (achevée en 1985 et créée la Biennale d’Helsinki la méme année) et Carpe Diem (1990) pour clarinette et orchestre, que le compositeur fait preuve de la plus grande originalité et invention.
Jouni Kaipainen possède un talent d’écrivain tout aussi remarquable et est, par ailleurs, I’auteur de nombreux exposés sur des thèmes musicaux et culturels pour la presse et la radio.