Gérard Zinsstag est né le 9 mai 1941 à Genève, où il a grandi et fait ses premières études (Collège Calvin et le Conservatoire de Musique de Genève). Il poursuit sa formation musicale d’abord au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris (1961-63) puis à l’Accademia Chigiana à Sienne.

De 1964 à 1967 il vit à Rome, voyageant à travers l’Europe en qualité de musicien flûtiste itinérant. En 1967, il rejoint le Tonhalle Orchestra à Zürich qu’il intègrera jusqu’en 1975 (date à laquelle il démissionne pour se consacrer exclusivement à la composition).

Zinsstag a étudié avec Hans-Ulrich Lehmann au Conservatoire de Zürich (1973-75), et avec Helmut Lachenmann à Stuttgart et Hanovre. Il a participé aux cours d’été de Darmstadt de 1976 à 1978 avant de passer une année aux Etat-Unis en 1979. La bourse du DAAD à Berlin lui est attribuée (1981-82), et en 1982 il est stagiaire à l’Ircam.

Gérard Zinsstag a dirigé le festival «Tage für neue Musik» à Zürich depuis sa création en 1986 jusqu’en 1994.

Il a participé à des séminaires et donné de nombreuses conférences (Berkeley, Paris, Moscou, Zürich, Taïpei)