Bernhard Gander étudie le piano, la direction et la composition au Conservatoire du Tyrol à Innsbruck et à l’Université de musique et des arts dramatiques de Graz. Il y suit notamment les cours de composition de Beat Furrer de 2000 à 2004. Par ailleurs, il reçoit une formation en musique électroacoustique au Studio UPIC de Paris sous la direction de Julio Estrada et de Curtis Roads en 1994-1995 et au Swiss Zentrum für Computermusic à Zurich en 1997.

Il reçoit le Prix de composition Musikförderungspreis de la ville de Vienne en 2004 ainsi qu’un prix sous forme de commande par l’Erste Bank en 2006, à l’origine de Bunny Games, pièce d’inspiration ludique (Bugs Bunny) mais aussi historique (Scarlatti) qui reçoit des critiques enthousiastes. En 2007, le label Kairos et l’ensemble Klangforum Wien lui consacrent un cd monographique.

Ses œuvres sont interprétées à Zurich, Paris, New York, Seattle, en Grèce, au Japon, en Corée et dans d’importants festivals. Bernhard Gander reçoit des commandes de la Konzerthaus de Vienne pour Der Melonenbaum (2000), de l’ensemble Klangforum Wien – Leim (2004) –, plusieurs  commandes de l’Ensemble Modern, des festivals musikprotokoll, Wien Modern, Klangspuren – Horribile dictu (2007) – et Donaueschinger Musiktage où est créé Beine und Strümpfe (2007). En 2010, l’Orchestre symphonique de Berlin crée Dirty Angel sous la direction de Susanna Mälkki et le Quatuor Arditti crée Khul à Darmstadt. En mai 2011, le festival Wiener Festwochen crée melting pot pour dj, rappeur, poètes slam, breakdanseurs, multivocaliste beatboxer et orchestre et en 2012, sa pièce pour ensemble take nine est créée par l’Ensemble intercontemporain. Das Leben am Rande der Milchstrasse, opéra sitcom en sept épisodes, sur un livret de Johannes Heide et Christa Salchner est créé au Bregenzer Festpiele 2015 (Autriche) par l’ensemble Phace. Cold Cadaver with Thirteen Scary Scars, pour orgue Hammond, basse électrique, percussion et ensemble, est créée lors au Donaueschinger Musiktage en 2016 par Steamboat et le Klangforum Wien.

En 2021, le Ministère fédéral autrichien de l’éducation, des arts et de la culture lui décerne le prix Outstanding Artist Award für Musik.